1. Araştırma Planlama ve Koordinasyon Birimi (APK)
Başkanlığımız merkez teşkilatında 22.05.1971 tarihli ve 7/2511 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile "Araştırma Plan ve Program Bütçe Başmüşavirliği" birimi kurulmuştur. Bu birime bağlı olarak Organizasyon ve Metot, Planlama ve Program Bütçe müşavirlikleri oluşturulmuştur. Birim, 22.04.1978 tarihli ve 7/14656 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile Araştırma ve Planlama Dairesi Başkanlığı'na, 06.08.1979 tarihli ve 7/17989 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile Araştırma ve Planlama Başmüşavirliği'ne (APB) dönüştürülmüştür.
Bakanlar Kurulunun 02.08.1983 tarihli ve 83/6925 sayılı kararı ile Araştırma ve Planlama Başmüşavirliği ve bu Müşavirliğe bağlı müşavir kadroları uzman kadrolarına dönüştürülmek suretiyle Başmüşavirlik birimi sona erdirilmiştir. Başmüşavirlik birimi için tespit edilen görevlerin yürütülmesinin temini bakımından 07.10.1983 tarihli ve APB-134-209 sayılı Başkanlık onayı ile "Araştırma ve Planlama Uzmanlığı" birimi kurulmuştur.
13.12.1983 tarihli ve 190 sayılı Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Bakanlar Kurulunun 18.07.1984 tarihli ve 84/8360 sayılı kararı ile eklenen kadro kararnamesi ile Araştırma, Planlama ve Koordinasyon Dairesi Başkanlığı birimi kurulmuştur. Aynı kararname ile tahsis edilen şube müdürlüğü kadrolarından üçü Organizasyon ve Metot Şubesi Müdürlüğü, Araştırma ve İstatistik Şubesi Müdürlüğü ile Bütçe, Plan ve Koordinasyon Şubesi Müdürlüğü şeklinde planlanarak bu birimler Araştırma, Planlama ve Koordinasyon Dairesi Başkanlığına bağlanarak Birimin oluşumu tamamlanmıştır.
Zaman içerisinde bağlı şube müdürlüklerinin isimleri değiştirilmiş, 1991 yılında İdari ve Mali İşler Dairesi Başkanlığı'na bağlı Mali İşler Şubesi Müdürlüğünün adı Bütçe ve Mali İşler Şubesi Müdürlüğü şeklinde değiştirilerek, bütçe hizmetleriyle ilgili iş ve işlemler APK Dairesi Başkanlığı'ndan alınmış ve İdari ve Mali İşler Dairesi Başkanlığı'nın uhdesine verilmiştir.
APK bünyesindeki Plan ve Bütçe Şubesi Müdürlüğünün adı da Planlama ve Koordinasyon Şubesi Müdürlüğü olarak değiştirilmiştir.
02.03.1988 tarihinde, Başkan Yardımcısına bağlı müstakil bir birim olarak kurulan ve faaliyet yürüten "Bilgi İşlem Merkezi Müdürlüğü" de, 2002 yılında "Bilgi İşlem Şubesi Müdürlüğü" adıyla APK Dairesi Başkanlığına bağlanmış, böylece bağlı şube müdürlüğü sayısı dörde çıkmıştır..
2. Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı
24.12.2005 tarihli ve 26033 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 5436 sayılı "Kamu Malî Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun" ile;
- Kamu kurum ve kuruluşları bünyesinde bulunan APK birimleri 01.01.2006 tarihi itibariyle ilga edilmiş ve ilgili kanunlarda APK birimleri ile ilgili yer alan bütün düzenlemeler yürürlükten kaldırılmıştır.
- APK birimlerinin yerine, görev ve yetkileri genişletilmiş olarak, genel bütçe kapsamındaki kamu idarelerinin merkez teşkilatlarında Strateji Geliştirme birimleri kurulmuştur. Bu çerçevede, Başkanlığımız merkez teşkilatı bünyesinde de Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı oluşturulması öngörülmüştür. Bunun üzerine, söz konusu Kanun'a müsteniden Başkanlık Makamı'ndan alınan 02.02.2006 tarihli ve 601.01 sayılı onayla yeni Daire teşkil edilmiştir. Yeni Daire Başkanlığına;
- Stratejik Araştırma ve Planlama Şubesi Müdürlüğü,
- Yönetimi Geliştirme Şubesi Müdürlüğü,
- Bütçe ve Performans Şubesi Müdürlüğü
- İç Mali Kontrol Şubesi Müdürlüğü,
- Bilgi İşlem Şubesi Müdürlüğü,
adlarıyla beş adet şube müdürlüğü bağlanmıştır. Buna mukabil mülga APK Dairesi Başkanlığı'na bağlı şube müdürlükleri ile İdari ve Mali İşler Dairesi Başkanlığı'na bağlı Bütçe ve Ödenek Şubesi Müdürlüğü lağvedilmiştir.
3. Strateji Geliştirme Başkanlığı
01 Temmuz 2010 tarihli ve 6002 sayılı Diyanet İşleri Başkanlığı Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanunda yapılan yeni düzenleme ile Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı Strateji Geliştirme Başkanlığına dönüşmüş ve Birim bünyesinde;
- Stratejik Planlama ve Yönetimi Geliştirme Daire Başkanlığı,
- Bilgi Yönetimi ve İletişim Daire Başkanlığı,
- İç Kontrol Daire Başkanlığı
- Bütçe ve Performans Daire Başkanlığı adlarıyla dört adet Daire Başkanlığı oluşmuştur.
Mevzuatta geçen iş tanımları ve fiili gerçeklik göz önüne alınarak, 24.09.2020 tarihli ve 30339839-702.03-E.671801 sayılı Başkanlık makamının onayı ile "Stratejik Planlama ve Yönetimi Geliştirme Daire Başkanlığı"nın ismi "Plan ve Programlar Daire Başkanlığı", "Bilgi Yönetimi ve İletişim Daire Başkanlığı"nın ismi "Bilgi İşlem Daire Başkanlığı" ve "Bütçe ve Performans Daire Başkanlığı'nın ismi "Bütçe Daire Başkanlığı" olarak değiştirilmiştir.